Στο Λύκειον των Ελληνίδων Ηρακλείου λειτουργούν σύμφωνα με το καταστατικό του τα παρακάτω τμήματα (Εφορίες) :
Τμήμα Εθνικών Παραδόσεων και Λαογραφικού Αρχείου
Έφοροι: Τσιχλάκη Ραπτοπούλου Μαρία ( Εθνικές Παραδόσεις) & Λυράκη Μαρία (Λαογραφικό Αρχείο) Συνέφοροι: Μιχαηλία Στεφανάκη Ζαχαριά, Ισμήνη Τζαγκαράκη
Τμήμα Εθνικών Ενδυμασιών
Έφορος: Ταμπακάκη Ελευθερία. Συνέφορος: Αγαπάκη Κάλια και Λυράκη Μαρία
Τμήμα Εθνικών Χορών
Έφορος Τζαγκαρουλάκη Αριστέα. Συνέφορος: Σκανδάλη Νίκη
Τμήμα Δικαιωμάτων Γυναίκας και Παιδιού - Ισότητας των φύλων
Έφορος Ζαχαριά – Στεφανάκη Μιχαηλία. Συνέφοροι: Παπαδάκη Τένια και Διαλυνά Ελένη
Τμήμα Φιλολογικού
Έφορος Κουγιουμουτζάκη Γεωργία. Συνέφορος: Στέλλα Καραντινού
Τμήμα Μουσικό
Έφορος Δημοπούλου Παναγιώτα Συνέφορος: Μαρία Ραπτοπούλου Τσιχλάκη
Τμήμα Εορτών και Δεξιώσεων και Τμήμα Εκδρομών και Ψυχαγωγίας
Έφορος Κουτάντου Ελένη Συνέφοροι: Μαρία Αλεβυζάκη Ταμιωλάκη και Λυράκη Μαρία
Τμήμα Κοσμητείας
Έφορος Κουτάντου Ελένη. Συνέφορος: Μαρία Ραπτοπούλου Τσιχλάκη
Τμήμα βιβλιοθήκης
Έφορος: Νίκη Σκανδάλη Συνέφορος: Κουγιουμουτζάκη Γεωργία
Τμήμα Ιστορικού Αρχείου
Έφορος: Μαρία Αλεβυζάκη Ταμιωλάκη
Τμήμα Δημοσίων Σχέσεων και Τμήμα Απόδημου Ελληνισμού
Έφορος: Μαρία Κασωτάκη