Το Λύκειον των Ελληνίδων Ηρακλείου λειτουργεί σε δύο ιδιόκτητους χώρους:
Γιαμαλάκη 15, 71201, 1ος όροφος
Στεγάζει την έδρα του Λυκείου των Ελληνίδων Ηρακλείου. Φιλοξενεί την έκθεση , το αρχείο, και την ιματιοθήκη του Λυκείου των Ελληνίδων Ηρακλείου. Γίνεται η διδασκαλία των παραδοσιακών χορών, και παραδοσιακών τεχνών (λαογραφικό τμήμα).
Δικταίου Άνδρου 3, 71201, 2ος όροφος
Ο χώρος αυτός αποκτήθηκε πρόσφατα από το Λύκειο των Ελληνίδων Ηρακλείου και ανακαινίσθηκε με δαπάνη της Περιφέρειας Κρήτης μετά από απόφαση του Περιφερειάρχη Κρήτης κ. Σταύρου Αρναουτάκη, στο πλαίσιο προγραμματικής σύμβασης του Λυκείου των Ελληνίδων Ηρακλείου, της Περιφέρειας Κρήτης και του Υπουργείου Πολιτισμού.
Στις εγκαταστάσεις αυτές θα λειτουργεί μέρος της ιματιοθήκης του Λυκείου, ορισμένα τμήματα παραδοσιακών τεχνών. Επίσης θα οργανώνονται συναντήσεις των μελών του Λυκείου καθώς και σεμινάρια στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων του.